Phylogénies de séquences et phylogénies de taxons

Table des matières

Introduction générale
Chapitre 1 Notions préliminaires
1.1 Arbres – phylogénies
1.1.1 Définitions
1.1.2 Aspect combinatoire
1.1.3 Phylogénies valuées
1.2 Données moléculaires
1.2.1 Définitions
1.2.2 Vitesses d’évolution des séquences
1.2.3 Phylogénies de séquences et phylogénies de taxons
1.2.4 Alignement des séquences
1.3 Modèles de l’évolution moléculaire
1.3.1 Hypothèses sous-jacentes
1.3.2 Pincipaux modèles d’évolution
1.3.3 Modélisation des séquences codantes
Chapitre 2 Principales méthodes de reconstruction phylogénétique
2.1 Recherche de l’arbre optimum
2.1.1 Processus agglomératif
2.1.2 Processus d’insertion
2.1.3 Ré-arrangement d’arbres
2.2 Méthodes de distances
2.2.1 Distances évolutives
2.2.2 Méthodes agglomératives
2.2.3 FITCH : une méthode d’insertion
2.3 Méthodes de parcimonie
2.3.1 Principe général et définitions
2.3.2 Calcul de la parcimonie d’un arbre
2.3.3 Recherche de l’arbre le plus parcimonieux
2.4 Maximum de vraisemblance
2.4.1 Choix du modèle d’évolution et ajustement de ses paramètres
2.4.2 Vraisemblance d’un arbre valué
2.4.3 Vraisemblance d’un arbre non valué
2.4.4 Recherche de l’arbre de vraisemblance maximale
2.5 Conclusion
2.5.1 Difficultés d’une évaluation objective
2.5.2 Performance du maximum de vraisemblance
2.5.3 Besoin de méthodes intermédiaires
Chapitre 3 Améliorations et limites des méthodes de quadruplets
3.1 Méthodes de quadruplets
3.1.1 Avantages des méthodes de quadruplets
3.1.2 Vraisemblance d’un 4-arbre
3.1.3 Combiner les 4-arbres
3.2 Quartet Puzzling (QP)
3.2.1 Pondération des 4-arbres
3.2.2 Construction de phylogénies à partir des w4-arbres
3.2.3 Consensus
3.3 Faiblesses de Quartet Puzzling
3.3.1 Un critère d’insertion perfectible
3.3.2 Un biais topologique important
3.3.3 Une complexité élevée
3.4 Weight Optimization
3.4.1 Un nouveau critère d’insertion
3.4.2 Un ordre d’insertion défini dynamiquement
3.4.3 Une complexité optimale
Conclusion générale