Phylogénie des Canidés

Table des matières

Avant-propos
Résumé
ملخص
Abstract
Liste des figures
Liste des tableaux
Liste des photos
Liste des annexes
Liste d’abréviations
INTRODUCTION GENERALE
CHAPITRE I : DESCRIPTION DU MODELE BIOLOGIQUE
I.1. Origine et évolution de la famille des Canidés
I.2. Phylogénie des Canidés
I.3. Systématique et description du Loup doré d’Afrique
I.3.1. Taille
I.3.2. Morphologie et dimorphisme sexuel
I.3.3. Pelage
I.3.4. Dentition
I.4. Ecologie de l’espèce
I.4.1. Habitat et distribution
I.4.2. Organisation sociale et reproduction
I.4.3. Régime alimentaire
I.5. Conflits homme-carnivores
I.6. Statut du Loup doré d’Afrique en Algérie
CHAPITRE II : PRESENTATION DE LA ZONE D’ETUDE
II.1. Milieu physique
II.1.1. Situation géographique
II.1.2. Aperçu géologique
II.1.3. Aperçu pédologique
II.1.4. Aperçu topo-morphologique
II.1.4.1. Hypsométrie
II.1.4.2. Pente
II.1.4.3. Exposition
II.1.5. Aperçu hydrographique et hydrologique
II.2. Climat
II.2.1. Station météorologique retenue
II.2.2. Paramètres climatiques analysés
II.2.2.1. Précipitations
II.2.2.2. Températures
II.2.2.3. Neige
II.2.2.4. Vent
II.2.3. Synthèse climatique
II.2.3.1. Diagramme ombrothermique
II.2.3.2. Quotient pluviothermique d’Emberger
II.3. Milieu biotique
II.3.1. Diversité floristique
II.3.2. Diversité faunistique
II.4. Actions anthropiques et aperçu socio-économique
II.4.1. Occupation du sol
II.4.2. Travaux de génie forestier
II.4.3. Agriculture
II.4.4. Elevage et pâturage
II.4.5. Incendies de forêts
CHAPITRE III : ECOLOGIE TROPHIQUE
III.1. Introduction
III.2. Méthodologie
III.2.1. Reconnaissance et collecte des fèces
III.2.2. Période d’enquête et taille d’échantillonnage
III.2.3. Traitement des échantillons au laboratoire
III.2.4. Détermination des composants alimentaires
III.2.5. Détermination de l’âge des proies
III.3. Evaluation des données collectées
III.3.1. Détermination de la fréquence
III.3.2. Calcul de la biomasse
III.3.3. Indice de diversité de Shannon
III.3.4. Indice d’équitabilité
III.3.5. Test d’indépendance du Khi-deux
III.4. Résultats
III.4.1. Identification moléculaire des crottes
III.4.1. Pesée et mensuration des crottes
III.4.3. Identification spécifique des proies ingérées
III.4.3. Caractéristique du régime alimentaire
III.4.5. Proportion des juvéniles dans le régime alimentaire
III.4.6. Contribution des animaux domestiques
III.4.7. Variation saisonnière du régime alimentaire
III.4.7.1. Période estivale
III.4.7.2. Période automnale
III.4.7.3. Période hivernale
III.4.7.4. Période printanière
III.4.8. Diversité et équitabilité
III.5. Discussion
CHAPITRE IV : ETHOLOGIE
IV.1. Introduction
IV.2. Méthodologie
IV.2.1. Activités
IV.2.2. Organisation sociale
IV.2.2.1. Observations directes
IV.2.2.2. Piégeages photographiques
IV.2.2.3. Surveillance acoustique
IV.2.3. Abondance, répartition et coexistence avec les carnivores sympatriques
IV.3. Analyse des données
IV.3.1. Détermination des groupes et de leur densité
IV.3.2. Taille des groupes détectés
IV.3.4. Analyse factorielle des correspondances (AFC)
IV.3.5. Indice de similarité de Sørenson
IV.4. Résultats
IV.4.1. Activités
IV.4.2. Effort d’échantillonnage
IV.4.2.1. Surveillance acoustique
IV.4.2.2. Caméras pièges et observations directes
IV.4.3. Densité des groupes
IV.4.4. Taille des groupes
IV.4.5. Abondance et coexistence des trois carnivores
IV.4.6. Facteurs déterminants la répartition des carnivores
IV.5. Discussion
CHAPITRE V : DIVERSITE GENETIQUE
V.1. Introduction
V.2. Méthodologie
V.2.1. Collecte des échantillons
V.2.2. Extraction d’ADN
V.2.2.1. Premier lot d’échantillons
V.2.2.2. Deuxième lot d’échantillons
V.2.2.3. Evaluation d’ADN extraite
V.2.3. Amplification et séquençage d’ADN mitochondriale
V.2.3.1. Amplification
V.2.3.2. Evaluation du produit de PCR
V.2.3.3. Séquençage
V.2.4. Amplification et génotypage des microsatellites
V.3. Analyse des données
V.3.1. Identification spécifique
V.3.2. Analyse phylogénétique
V.3.3. Paramètres des microsatellites et diversité génétique
V.3.4. Analyse des coordonnées principales
V.4. Résultats
V.4.1. ADN mitochondriale
V.4.2. Arbre phylogénétique
V.4.3. Diversité des nucléotides et des haplotypes
V.4.4. Succès d’amplifica0tion des marqueurs
V.4.5. Diversité génétique
V.4.6. Structure génétique des populations
V.5. Discussion
CONCLUSION
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXES