Méthylation globale de l’ADN

Table des matières

Chapitre 1. Introduction
1.1 Le cancer
1.2 Cancer du sein
1.2.1 Épidémiologie
1.2.2 Étiologie
1.2.2.1. L’origine du cancer du sein
1.2.3 Facteurs de risque du cancer du sein
1.2.4 Traitement du cancer du sein
1.3 Cancer du sein controlatéral
1.3.1 Épidémiologie
1.3.2 Facteurs de risque de cancer du sein controlatéral
1.4 Épigénétique
1.4.1 Historique
1.4.2 Modifications covalentes des histones
1.4.3 Le positionnement des nucléosomes
1.4.4 L’expression de l’ARNs non-codants
1.4.5 La méthylation de l’ADN
1.4.5.1 Historique
1.4.5.2 Mécanisme de méthylation
1.4.5.3 Rôle de la méthylation dans le développement cellulaire
1.4.5.4 Implication de la méthylation de l’ADN dans le cancer
1.4.5.5 Thérapie épigénétique
1.4.6 La méthylation de l’ADN dans le cancer du sein
1.4.6.1 Méthylation des gènes spécifiques dans les tissus mammaires normaux
1.4.6.2 Méthylation globale de l’ADN
1.5.1.1 Enzymes de restriction
1.5.1.2 LUMA : « LUminometric Methylation Assay »
1.5.2 Les techniques non enzymatiques
1.5.2.1 Immunoprécipitation de l’ADN méthylé (MeDIP)
1.5.2.4 Clonage et séquençage
1.5.2.5 Pyroséquençage
1.6 Différents types d’échantillons pour la recherche
Chapitre 2. Problématique, hypothèse et objectifs
2.2 Hypothèse
Chapitre 3. Mise au point de la méthode d’extraction de l’ADN
3.1 Introduction
3.2 Méthode
3.3 Résultats
3.3.1 Préparation des échantillons
3.3.2 Choix de kit
3.3.3 Déparaffinage des tissus
3.3.4 Digestion par protéinase K
3.4 Conclusion
Chapitre 4. Matériels et Méthodes
4.1 Sélection des groupes
4.1.1 Collecte d’échantillons
4.2 Sélection des tissus
4.2.1 Effet de champ
4.3 Extraction de l’ADN
4.4 Contrôle de qualité
4.5 Conversion de bisulfite
4.6 Restauration de l’ADN
4.7 Illumina infinium 450k
4.8 Analyse bio-informatique et statistique
Chapitre 5 : Résultats
5.1 Méthylation de l’ADN et cancer du sein controlatéral
5.1.1 Caractéristiques de la population pour l’étude principale
5.1.2 Méthylation globale de l’ADN et le risque de cancer du sein controlatéral
5.1.3 Différence de la méthylation globale de l’ADN selon la localisation des CpGs
5.1.4 Identification des sites différentiellement méthylés reliés au développement du cancer du sein controlatéral
5.1.5 Identification des régions différentiellement méthylées reliées au développement du cancer du sein controlatéral
5.2 Méthylation de l’ADN et cancer du sein
5.2.1 Caractéristiques de la population pour l’étude secondaire
5.2.2 Méthylation globale de l’ADN et le risque de cancer du sein
5.2.3 Différence de la méthylation globale de l’ADN selon la localisation des CpGs
5.2.4 Identification des sites différentiellement méthylés reliés au développement du cancer du sein
5.2.5 Identification des régions différentiellement méthylées reliées au développement du cancer du sein
5.3 Identification des gènes impliqués dans le développement d’un cancer du sein primaire et controlatéral par chevauchement des résultats entre les deux études.
Chapitre 6. Discussion et conclusion
6.1 Discussion
6.2 Conclusion
6.3 Perspective
Bibliographies
Annexe