Les souches d’Acinetobacter

Table des matières

A. INTRODUCTION
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
I. ACINETOBACTER
I.1. Systématique
I.2. Habitat
I.3. Caractères bactériologiques
I.4. Acinetobacter baumannii
II. IMIPENEME
III. RESISTANCE
B. MATERIELS ET METHODES
I. Souches
II. Identification
• Coloration Gram
1. Principe
2. Mode opératoire
• Etude de type respiratoire
1. Principe
2. Mode opératoire
• Test à l’oxydase
1. Principe
2. Mode opératoire
• Identification par API 20 E
1. Principe
2. Mode opératoire
3.1. Préparation de l’inoculum
3.2. Inoculation de la galerie API 20 E
III. Etude de la sensibilité aux antibiotiques. Concentration minimale inhibitrice de l’imipénème
1. Principe
2. Préparation des dilutions d’imipénème
3. Réalisation de CMI
IV. Etude de mécanismes de résistance
IV.1. Etudes phénotypiques
1. Recherche de la production de métallo-β-lactamases (MBL)
1.1. Principe
1.2. Mode opératoire
a) Préparation des disques d’EDTA
b) Préparation d’inoculum
c) Ensemencement
d) Dépôt des disques
e) Lecture
2. Recherche d’imperméabilité ou d’hyperproduction de céphalosporinase
2.1. principe
2.2. Mode opératoire
a) Préparation de milieu MH avec cloxacilline
b) Préparation d’inoculum
c) Ensemencement
d) Dépôt des disques
e) Lecture
3. Recherche de β-lactamase à spectre élargi (BLSE)
3.1. Principe
3.2. Mode opératoire
a) Préparation d’inoculum
b) Ensemencement
c) Dépôt des disques
d) Lecture
IV.2. Etudes génotypiques
1. Extraction d’ADN chromosomiques
2. 1.1 Mode opératoire
3. Recherche de gènes de résistance par PCR
3.1. Principe de la PCR
3.2. Amorces utilisées
3.3. Préparation de mix
2.4. Ajout d’ADN
2.5. Amplification
2.6. Détection des amplicons par électrophorèse
• Préparation de gel d’agarose et coulage
• Préparation des échantillons
• Dépôt des échantillons et du marqueur de taille
• Migration
• Révélation
3. Etude de clonalité par REP-PCR
2.1. Principe
2.2. Paire d’amorces utilisées
2.3. Préparation de mix
2.4. Ajout d’ADN
2.5. Amplification
2.6. Détection des amplicons par électrophorèse
• Préparation de gel d’agarose et coulage
• Préparation des échantillons
• Dépôt des échantillons et du marqueur de taille
• Migration
• Révélation
4. Séquençage
C. RESULTATS
I. Identification
II. Etude de la sensibilité aux antibiotiques. Valeurs des CMI pour l’imipénème
III. Etude phénotypique de mécanisme de résistance
1. Recherche de métallo-β-lactamases
2. Recherche d’hyperproduction de céphalosporinase
3. Recherche de BLSE
IV. Etude génotypique de mécanisme de résistance
1. Recherche de gènes de résistance par PCR et séquençage
1.1. Gènes de céphalosporinase naturelle, des carbapénèmases et de séquence d’insertion
1.2. Gènes de métallo- β-lactamases
2. Etude de clonalité par REP-PCR
D. DISCUSSION
E. CONCLUSION ET PERSPECTIVES