Les lacs de fonte de pergélisol

Table des matières

Resume
Abstract
Table des matieres
Liste des tableaux
Liste des figures
Liste des abreviations
Remerciements
Avant-propos
Chapitre 1 : Introduction generale
1.1 Le pergelisol
1.1.1 Les lacs de fonte de pergelisol
1.1.2 Caracteristiques limnologiques
1.1.3 Implication dans le rechauffement climatique
1.1.4 Ecologie des lacs de thermokarst
1.2 Les virus
1.2.1 Roles ecologiques
1.2.1.1 Court-circuit viral
1.2.1.3 ≪Reine Rouge≫ (Red Queen)
1.2.1.4 ≪Chat du Cheshire≫ (Cheshire Cat)
1.2.1.5 Transfert horizontal de genes
1.2.1.6 Genes auxiliaires metaboliques
1.2.1.7 Controle des populations microbiennes
1.2.2 Les virus infectant le phytoplancton
1.2.2.1 Les Phycodnaviridae – Chlorovirus
1.2.2.2 Les cyanophages
1.2.3 Ecologie virale dans les ecosystemes d’eau douce polaires
1.2.4 Approches utilisees pour etudier les virus
1.3 Problematique
1.4 Objectifs specifiques
1.5 Sites d’echantillonnage
1.5.1 Regions des villages de Whapmagoostui-Kuujjuarapik et Umiujaq
1.5.2 Lacs a l’etude
Chapitre 2 : Controle des communautes virales dans les mares de fonte de pergelisol par le type de mare
2.1 Resume
Chapter 2 : Landscape control of viral communities in permafrost thaw ponds
2.2 Abstract
2.3 Introduction
2.4 Materials and Methods
2.4.1 Study site and sampling
2.4.2 Sample processing and molecular analysis
2.4.3 Bioinformatics and statistical analyses
2.5 Results
2.5.1 Limnological conditions
2.5.2 Cellular communities
2.5.2.1 Community composition
2.5.2.2 Community comparisons
2.5.3 Viral communities
2.5.3.1 Community composition
2.5.3.2 Community comparisons
2.6 Discussion
2.7 Acknowledgments information
Chapitre 3 : Isolement et sequencage de deux nouveaux cyanophages d’origine subarctique
3.1 Mise en contexte
3.1.2 Les cyanophages
3.2 Materiel et Methodes
3.2.1 Amplification des cyanophages
3.2.1.1 Cultures de cyanobacteries
3.2.1.2 Inoculation avec les virus
3.2.1.3 Rondes d’amplification
3.2.2 Microscopie electronique
3.2.3 Isolement
3.2.4 Extraction d’ADN et sequencage
3.2.5 Analyses genomiques
3.2.6 Analyses phylogenetiques
3.3 Resultats
3.3.1 Lyse des cultures de cyanobacteries
3.3.2 Caracteristiques genomiques
3.3.3 Morphologie des particules virales
Chapitre 4 : Discussion générale et conclusion
4.1 Discussion
4.1.1 Objectif de recherche 1
4.1.2 Objectif de recherche 2
4.2 Conclusion
4.2.1 Perspectives
Bibliographie
Annexe