Les biofilms et leur importance

Table des matières

Chapitre 1 : Introduction
1.1 Introduction
1.1.1 La vulnérabilité des personnes atteintes de fibrose kystique face aux microorganismes pathogènes opportunistes
1.1.2 Le problème des infections pulmonaires chez les personnes atteintes de fibrose kystique
1.1.3 Pseudomonas aeruginosa, bactérie pathogène opportuniste
1.1.4 Les facteurs de virulence de Pseudomonas aeruginosa
1.1.5 L’adaptation de souches de Pseudomonas aeruginosa aux poumons des personnes atteintes de fibrose kystique
1.1.6 LESB58, souche de Pseudomonas aeruginosa adaptée à la fibrose kystique
1.1.7 L’origine des infections à Pseudomonas aeruginosa chez les personnes atteintes de fibrose kystique
1.1.8 La nécessité de trouver de nouveaux moyens de lutte contre Pseudomonas aeruginosa
1.1.9 Les biofilms et leur importance
1.1.10 La formation de biofilm comme facteur de virulence
1.1.11 Les biofilms de Pseudomonas aeruginosa
1.2 Hypothèse de recherche
1.3 Objectifs spécifiques
Chapitre 2 : Identification à l’aide d’une approche multi-hôtes d’un mutant par transposon de Pseudomonas aeruginosa LESB58 ayant une virulence atténuée
2.1.1 Résumé
2.2 A multi-host approach to identify a transposon mutant of Pseudomonas aeruginosa LESB58 lacking full virulence
2.2.1 Abstract
2.2.2 Introduction
2.2.3 Materials and methods
2.2.3.1 Bacterial strains
2.2.3.2 Dictyostelium discoideum predation assay
2.2.3.3 Fly pricking assay
2.2.3.4 Competitive index in rat model
2.2.4 Results and discussion
2.2.4.1 Reduced virulence of LESB58 mutants in Dictyostelium discoideum
2.2.4.2 Identification of the STM PALES_11731 mutant with the Drosophila systemic model
2.2.4.3 The STM PALES_11731 mutant is strongly attenuated in the chronic lung infection model
2.2.4.4 Potential consequences of the transposon insertion in the STM PALES_11731 mutant
2.2.4.5 The highly reduced virulence of the STM PALES_11731 mutant is likely multifactorial
2.2.5 Limitations
2.2.6 References
2.2.7 Additional material
Chapitre 3 : Une nouvelle approche pour l’étude des biofilms adhérés ou flottants produits par des souches de Pseudomonas aeruginosa de différentes origines révèle un effet varié de la présence d’ions divalents sur ces structures
3.1.1 Résumé
3.2 A new approach to study attached and floating biofilms produced by Pseudomonas aeruginosa strains of various origins reveals various effects of divalent ions on these structures
3.2.1 Abstract
3.2.2 Introduction
3.2.3 Materials and methods
3.2.3.1 Bacterial strains
3.2.3.2 Growth curve establishment
3.2.3.3 Crystal violet staining
3.2.3.4 Biofilm quantification using imaging
3.2.3.5 Biofilm-like structure quantification
3.2.3.6 Scanning electron microscopy (SEM) of the biofilm-like structures
3.2.4 Results and discussion
3.2.4.1 Increased attached biofilm formation in the Urg-7 isolate
3.2.4.2 High concentration of Zn2+ greatly increases attached biofilm formation
3.2.4.3 P. aeruginosa’s floating biofilm-like structures and their modulation by cations
3.2.4.4 BLSs are heterogeneous structures formed of cells embedded in extracellular matrix
3.2.4.5 Planktonic growth does not correlate with biofilm formation
3.2.4.6 Conclusions and perspectives
3.2.5 References
Chapitre 4 : Conclusion
4.1 Discussion générale
4.1.1 Étude du mutant STM PALES_11731
4.1.2 Étude de la diversité des biofilms de Pseudomonas aeruginosa
4.1.3 Comprendre la formation des biofilm-like structures (BLS)
4.2 Conclusions et perspectives
Bibliographie
Annexes
Annexe 1 – Comparaison de la formation de biofilms adhérés et de BLS chez LESB58 et le mutant STM PALES_11731
Annexe 2 – Live/Dead des BLS
Annexe 3 – Croissance de PAO1
Annexe 4 – Microfluidique de PAO1, PPF-1 et LESB58