La santé des plantes ; un enjeu majeur pour celle de l’homme ?

Table des matières

Partie 1. Introduction
1.1 La santé des plantes ; un enjeu majeur pour celle de l’homme ?
1.1.1 Un concept au coeur de multiples controverses
1.1.2 Impact de l’environnement sur la santé de la plante
1.1.3 Influence génotypique sur la santé de la plante
1.1.4 Comment mesurer l’état de santé de la plante : cas de l’efficience photosynthetique
1.2 Présentation du modèle d’étude hôte-parasite : le couple H. vastatrix/C. arabica
1.2.1 Le modèle café
1.2.2 La rouille orangée
1.3 Approches et objectifs du projet de thèse
Partie 2. Influence des conditions environnementales et du fond génétique de Coffea arabica sur la pathogénèse d’Hemileia vastatrix
2.1 Contexte
2.2 Stratégie
2.3 Conclusions
2.4 Article
2.4.1 Abstract
2.4.2 Introduction
2.4.3 Materials and methods
2.4.4 Results and discussion
2.4.5 Conclusions
2.4.6 Acknowledgements
2.4.7 Contribution
Partie 3. Etude du déterminisme moléculaire de la meilleure performance agronomique d’un clone d’hybride F1 de Coffea arabica via une approche de transcriptomique
3.1 Contexte
3.2 Stratégie
3.3 Conclusions
3.4 Article
3.4.1 Abstract
3.4.2 Introduction
3.4.3 Material and method
3.4.4 Results
3.4.5 Discussion
3.4.6 Supporting information
Partie 4. Etude du transcriptome de variétés hybrides d’Arabica au cours de l’infection par la rouille orangée
4.1 Contexte
4.2 Stratégie
4.3 Conclusions
4.4 Article
4.4.1 Introduction
4.4.2 Matériel et Méthodes
4.4.3 Résultats et discussion
4.4.4 Conclusions et perspectives
4.4.5 Annexes
Partie 5. Discussion
5.1 Quel rôle joue l’environnement et les pratiques agricoles sur l’infection et la capacité de réponse de la plante ?
5.2 Quelle est la capacité du caféier à croître sous des conditions de stress multiples incluant la rouille orangée ?
5.3 Quelle est la relation entre la vigueur hybride, l’efficacité photosynthétique et plus généralement le métabolisme énergétique ?
5.4 Comment identifier des gènes candidats de la bonne santé et/ou de la résistance basale?
5.5 Comment interpréter la meilleure performance des hybrides par l’expression des gènes candidats liés à la réponse aux stress ?
5.6 Comment renforcer l’hypothèse de la meilleure résistance des hybrides par l’état initial de santé de la plante ?
5.7 Comprendre les bases moléculaires de la santé de la plante
5.8 Utiliser l’environnement comme une source de variation pour identifier des QTT (Quantitative Traits Transcripts) liés à la santé de la plante
Partie 6. Bibliographie
Partie 7. Annexes